根据《政府采购需求管理办法》（财库〔2021〕22号）第十七条规定：“采购人要按照有利于采购项目实施的原则，明确采购包或者合同分包要求。采购项目划分采购包的，要分别确定每个采购包的采购方式、竞争范围、评审规则和合同类型、合同文本、定价方式等相关合同订立、管理安排。”因此，一个政府采购项目的两个合同包中，是可以采用不同评分方法的。

在实际操作中，政府采购项目的不同合同包可以采用不同的评分方法，但采购人在划分合同包和设定评分方法时，需紧密结合项目实际需求和特点，合理地制定评分标准，避免因评分方法差异引发不公平竞争。同时，应在采购文件中清晰列明各合同包的评分方法，确保供应商充分了解评审规则，从而保障采购活动的公平、透明和顺利实施。

                     （信息来源：今日招标采购）